Ang palabas ay nagsisimula sa pamamagitan ng pagpapakilala sa mga kaibigan ng kabataan sa isang napakalakas at malapit na pakikipagkaibigan na si Syaoran, isang batang arkeologo na nagsisiyasat ng isang kapahamakan sa loob ng Sakura, at ang Kingdom of Clow, prinsesa ng Kingdom of Clow at anak na babae ng yumaong hari na si Clow Reed. Kapag bumisita sina Sakura at Syaoran sa mga lugar ng pagkasira, ipinapalagay ng kanyang diwa ang uri ng isang hanay ng mga pakpak na multo na nadurog sa iba pang mga sukat. Nasisiyahan ni Syaoran ang Dimensional Witch, si Yuko Ichihara, kung kanino siya humihingi ng tulong upang makatipid kay Sakura habang bumababa sa isang catatonic na malapit nang mamatay na estado. Si Yuko ay makikita ng dalawa sa iba pa na bawat isa ay may kanya-kanyang partikular na hangarin: Kurogane, isang ninja na nais na bumalik sa kanyang bahay mundo matapos na itapon mula sa kanyang mundo ni Princess Tomoyo upang maunawaan niya kung ano ang tunay na kapangyarihan; at Fai D. Flowright, isang wizard na nais na hindi na bumalik sa kanyang bahay mundo, Celes, upang maiwasan ang kanyang hari, Ashura- ?. Sa pangangalakal para sa kapangyarihang dumaan sa mga sukat, kailangan ni Yuko na gumastos ang bawat isa na pinahahalagahan nila: ang kanyang tabak na Ginry ay inaalok ng Kurogane ?; Nag-aalok sina Fai at Syaoran ng tat na pinipigilan ang kanyang napakalaking lakas at lakas ng mahika at lahat ng mga alaala ni Sakura na tumatawag para sa kanya, ayon sa pagkakabanggit. Pagkatapos ay nagbibigay si Yuko ng isang hayop na nagngangalang Mokona Modoki na nagpapadala sa koponan sa isang paglalakbay sa mga sukat sa paghahanap ng mga balahibo ni Sakura sa kanila. Matapos makuha ang pangunahing balahibo, sinimulang makuha muli ni Sakura ang kanyang mga alaala at gumising mula sa kanyang estado ng catatonic. Sa panahon ng kanilang mga karanasan, ang grupo ay dahan-dahang lumalapit sa antas na biro nilang binansagan ni Fai bilang mga kamag-anak. Sa kanilang paglalakbay, natuklasan nila ang mga balahibo ay magbibigay ng maraming hindi likas na kapangyarihan sa mga nagmamay-ari ng mga ito at mayroong kanilang sariling natatanging mga kakayahan.
Sa buong kanilang paglalakbay sa Tokyo, nalaman ng koponan na ang Syaoran ay isang katotohanan na isang clone na nilagyan ng kalahati ng puso ng unang Syaoran. Maraming taon pabalik, ginawa ni Fei ang clone upang tipunin ang mga balahibo ni Sakura at ang salamangkero na naging sanhi ng pagkawala ng kanyang mga alaala ni Sakura, Wang Reed, ang kumuha ng kauna-unahang bilanggo ng Syaoran. Sa madaling panahon ng pagsunod sa mga unang pahinga ng Syaoran ng Fei-Wang na mapanatili ang, ang kanyang puso ay nawala ng clone at naging isang papet na sumusunod sa kalooban ni Fei Wang, pinagkanulo ang koponan. Ang unang Syaoran ay sumali sa Sakura na nais na i-save ang clone sa koponan sa paglalakbay. Nakikita ang isa pa kung saan pinatay ni Fai ang unang Syaoran na hinimok ni Fei-Wang na hex ng, Sakura ay nasaksak sa kanyang lugar, ngunit sabay na hinati ang kaluluwa at ang kanyang katawan, na hinahatid ang bawat isa sa Seresu natatanging mga mundo pati na rin ang Dream World, ayon sa pagkakabanggit. Sa Dream World, ang kaluluwa ni Sakura ay nawasak ng clone ng Syaoran kapag sinusubukang makuha ang mga balahibo. Bago mawala ang kanyang kaluluwa, ipinakita ni Sakura na siya ay isang clone ng kauna-unahang Sakura na dinakip ni Fei Wang. Kasunod na hinihiling ni Fei Wang ang katawan ni Sakura upang magamit ang enerhiya na nakaimbak. Ang koponan ay aalis upang i-save ang dalawang pag-unawa ng Sakuras mula sa Yuko na ang Fei Wang ay nasa loob ng isang alternatibong pagsukat sa Kingdom of Clow. Ang nasabing sukat na kahanay ay ang epekto ng pagnanais ni Syaoran na pangalagaan ang unang Sakura mula sa bane taon ni Fei Wang. Upang payagan ang kanyang gusto, si Syaoran ay naging bilanggo ni Fei Wang at si Kimihiro Watanuki, ang katulong ni Yuko, ay ginamit upang palitan si Syaoran sa loob ng background sa kanyang unang mundo.
Ang koponan ay nakikipaglaban kay Fei Wang na sumisira sa clone ng Syaoran nang siya ay magtaksil sa kanya. Pagkatapos ay gumagamit siya ng kapangyarihan ng dalawang Sakuras at ang hindi masukat na makapangyarihang kapangyarihan upang muling buhayin si Yuko, hindi sinasadyang na-freeze ng oras sa pamamagitan ng pag-alis ni Clow Reed upang maiwasan, kung saan itinataguyod ang kanyang sarili na hindi mas mababa si Clow. Ginagamit ni Yuko ang mahika ni Clow bilang pagbabayad at ang kanyang pag-iral upang matulungan na muling maisilang ang mga clone bago manirahan nang magkasama. Tulad ng pag-unawa ng 2 sa lahat ng mga kaganapan sa string 'ay muling umuulit, ang kanilang mga sarili ay tinatakan ng mga clone bago ang salungatan laban sa kanya sa tindahan ng Yuko. Ang koponan ay namamahala upang sirain si Fei Wang, na nag-trap ng Syaoran sa isang walang bisa sa pagitan ng lugar at oras, paghila kasama ang parehong Watanuki at ang kanyang clone bilang isang resulta ng link. Gamit ang pag-alis ng kanilang pinagmulan, ang parehong mga clone ng Syaoran at Sakura ay nawawala na nag-iiwan ng dalawang balahibo. Si Watanuki at Syaoran ay nakatakas sa kawalan upang makakuha ng gastos: Si Syaoran ay dapat na magpatuloy habang si Watanuki ay dapat manatili sa tindahan ng Yuko, dumaan sa mga sukat na walang hanggan. Kung saan pinipili nina Fai, Kurogane, at Mokona na sumali muli sa Syaoran sa pag-asang makakuha ng isang paraan upang maibalik ang mga clone na mananatili habang ang dalawang balahibo na pinahinga ng koponan sa Kingdom of Clow. Bago umalis sa kanilang iba't ibang mga paraan, inamin ni Sakura at Syaoran ang kanilang malapit, kapwa makapangyarihang at dalisay na matalik na pagmamahal sa bawat isa tulad ng inaasahan nilang matutupad muli.
