Buod
Isang introspective, serye na hinimok ng character, nagbabasa ang Tokyo Babylon tulad ng isang manga bersyon ng The X-Files. Ang kwento nito - isang modernong panahon na pantasya - ay sumusunod sa isang batang onmyouji (medium na pang-espiritwal) sa kanyang hangarin na protektahan ang Tokyo mula sa mga masasamang espiritu.
Ang tinedyer na Subaru Sumeragi ay ang ika-13 pinuno ng angkan ng Sumeragi. Kasama ang kanyang kambal na si Hokuto at ang mahiwagang beterinaryo na Seishirou, si Subaru ay naglalakbay sa paligid ng Tokyo, pinapakalma ang mga multo na nagbabanta sa lungsod.