Buod
Batay sa laro ng Nintendo DS ng parehong pamagat.
Sa loob ng bawat nabubuhay na bagay ay "Spiria", ang core ng bawat kaluluwa. Kamakailan lamang, mayroong isang sakit na nagpapahawa sa Spiria ng mga tao, na kilala bilang "Despir Disease". Ang Despir Disease ay naging sanhi ng pagkakaroon ng Zeroms, ang pangarap na kumakain ng mga demonyo na pinaniniwalaang umiiral lamang sa engkantada, sa loob ng Spiria ng isang tao. Ang paraan upang pagalingin ang sakit na ito ay upang mag-link sa kanilang Spiria, na tinatawag na Spir Link, ipasa ang Spir Maze, ang labirint na nilikha ng Spiria at talunin ang Zerom bago maubos ang lahat ng Spiria ng taong iyon. Magagawa lamang ito sa pamamagitan ng paggamit ng Soma, ang sandata na nagpapahintulot sa taong may malakas na Spiria na maiugnay sa Spiria ng ibang tao at talunin ang Zeroms.
Ang kwento ay nakatuon sa isang binata, si Shing Meteoryte. Matapos umalis ang kanyang lolo sa tahimik na nayon kung saan sila nakatira, bumaba si Shing sa kalapit na beach, lamang upang makahanap ng dalawang tao na namamalagi nang walang malay sa baybayin. Ang dalawang taong iyon ay naging Kohak Hearts at ang kanyang kapatid na si Hisui Hearts. Ang pagpupulong nina Shing at Kohak ay nagsimula sa pagsisimula ng kanyang unang pakikipagsapalaran sa labas ng tahimik na nayon sa buong mundo. . .