Buod
Ang COMPILER ay isang kwento tungkol sa magkapatid na Igarashi na sina Nachi at Toshi, at dalawang mga ganda mula sa isa pang sukat, Compiler at Assembler. Orihinal na ipinadala upang lupigin ang Earth sa pamamagitan ng isang laro ng pagkawasak at paglikha, natapos ang Compiler at Assembler na nagpasya na ang pamumuhay sa ating mundo ay mas masaya kaysa sa pagsakop dito. Lumipat sila kasama sina Nachi at Toshi. Ang isang lumalagong relasyon ay nagsimulang umunlad sa pagitan ng Nachi at Compiler, at Toshi at Assembler, kahit na wala sa kanila ang maaaring magdala ng kanilang sarili upang tanggapin ito nang diretso.
Samantala, ang mga tao na nagpadala ng Compiler at Assembler upang sakupin ang Earth ay nagalit sa kanilang maliwanag na pagkakanulo. Nagpadala sila ng dalawang mamamatay-tao, Bios at Directory, upang harapin ang mga tumalikod at magpatuloy sa plano ng pagsalakay. At sa gayon, nagsisimula ang hindi tamang pakikipagsapalaran ...