Sa unang araw ng high school, gumawa ng anunsyo si Haruhi Suzumiya na ikinagulat ng lahat: “Wala akong interes sa mga ordinaryong tao. Kung ang sinuman dito ay isang dayuhan, taglalakbay sa oras, slider, o esper, mangyaring, tingnan mo ako! Yun lang." Si Kyon, isang ganap na normal na tao na nagkakaroon ng kasawian sa pag-upo sa desk sa harap ng Haruhi's, nagtaka sa una kung nagbibiro ba siya. Ngunit si Haruhi Suzumiya ay laging seryoso. Palagi Sa anumang kaso, tiyak na hindi kailanman nilayon ni Kyon na makisali sa kanyang mga kalokohan. Ngunit kapag ang isang kaswal na pag-uusap na hindi sinasadya ay nagbibigay kay Haruhi ng ideya na bumuo ng isang club na nakatuon sa pagtuklas at pagsisiyasat ng misteryosong mga phenomena, natagpuan ni Kyon na ang kanyang sarili ay nasa ulo na, lalo na kapag ginawa siya ni Haruhi na kanyang unang recruit. Ang iba pang mga miyembro ng club ay kinabibilangan ng Nagato Yuki, isang tahimik, hindi mag-aaral na batang babae; Si Mikuru Asahina, isang napakahusay na kaibig-ibig na batang babae na pinili ni Haruhi upang maging "maskot" ng club; at Koizumi Itsuki, isang palaging nakangiting batang lalaki na pinili ni Haruhi upang gampanan ang papel na "misteryosong mag-aaral ng paglipat". At sa gayon ang SOS Brigade ay ipinanganak! Ang mga bagay ay naging mas weirder at mas mahirap para kay Kyon, gayunpaman, nang malaman niya na ang Haruhi ay hindi namamalayan na napapalibutan ang kanyang sarili sa mga tao na hinahangad niya sa buong oras na ito upang matuklasan: Ang Nagato Yuki ay talagang isang dayuhan, isang time traveller ni Asahina Mikuru, at Koizumi Itsuki's isang espera! At bakit lahat ng mga taong ito ay una nang lumitaw? Aba, para kay Haruhi, syempre! Tatlong taon na ang nakalilipas, ang Haruhi ay sanhi ng isang uri ng kaguluhan na natagpuan ng bawat isa sa kanila na sulit na imbestigahan. At si Kyon, para sa anumang kadahilanan, tila siya lamang ang "normal" sa buong pangkat. Ang kanyang pinakamalaking tanong: bakit siya?
