Pagkasira ng Tokyo Girls

Noong 2020's ang kulturang babaeng Hapon ay labis na napinsala sa mga mata ng unang babaeng punong ministro. Upang maibalik ang kagandahan ng pagkababae ng Hapon, nilikha niya ang Amazon Academy, isang batang babae-tanging paaralan, sa isang artipisyal na isla na nakahiwalay sa gitna ng Karagatang Pasipiko.
Inilipat lamang ni Amesu Kumi sa Amazon Academy upang siyasatin ang pagkamatay ng kanyang nakatatandang kapatid na si Towa, na nag-aral din sa paaralan hanggang sa siya ay namatay sa isang hiwa ng misteryo. Ang tanging clue niya ay ang pangalang Burai Sachiko na naiwan sa cell phone ni Towa. Paano malalaman ni Kumi na ang paaralan ay literal na nagiging isang larangan ng digmaan kapag natapos na ang mga klase; kung saan binubugbog ng maliit na batang babae ang bawat isa na walang katuturan upang mabuhay?