Ang 10 taong gulang na si Ken (Ken'ichi) Mitsoba ay isang average na bata na pumapasok sa elementarya, at nakikipagpunyagi sa kanyang pag-aaral. Samantala mula sa lupa ng ninja aka Land of the Ninjas, isang maliit na ninja na pinangalanang Kanzo Hattori ang dumating, at nakikipagkaibigan kay Ken'ichi. Si Hattori ay bahagi na ngayon ng pamilya mitsoba kasama ang kanyang kapatid na si Shinzou, at ang kanyang ninja dog na si Shishi-Maru. Tinutulungan ni Hattori si Ken'ichi sa kanyang mga problema, at patuloy na binabantayan siya, bilang isang mabuting kaibigan.
