Buod
Si Shinji Ikari ay dumadalo sa NERV Foundation Academy at nabubuhay sa isang buhay na may kamag-anak sa normalidad. Isang gabi nakatagpo niya sina Rei Ayanami at Kaworu Nagisa na tumakas sa pinangyarihan ng isang marahas na pagsabog at kalaunan ay hinikayat upang tulungan sila at Asuka Sohryuu Langely sa pakikipaglaban sa mga Anghel, na kumuha ng anyo ng tao, upang makuha ang kanilang mga core upang suportahan ang puno ng mundo , Yggdrasil. Kung mamatay ang Yggdrasil, ang kanilang mundo ay itatapon sa isang magulong estado kung saan magkabunggo ang mga parallel stream ng pagkakaroon, na kalaunan ay nagwawasak ng lahat ng mga bagay. - Mga Update sa Manga