Sa AG 101 (ang ika-101 taon ng kalendaryong Advanced Generation) isang misteryosong nilalang na kilala lamang bilang "UE", o "hindi kilalang kaaway", ang umaatake at sumisira sa kolonya ng anghel na si Angel. Ang brutal na pag-atake na ito ay naging bantog bilang "The Day the Angel Fell", at minamarkahan ang simula ng giyera ng sangkatauhan para mabuhay. Nagsimula ang serye noong AG 108 nang atakehin ng UE ang kolonya ng kalawakan na Ovan, kung saan nakatira ngayon si Flit Asuno matapos niyang makatakas sa kolonya na si Angel bago ito wasakin. Ang ina ni Flit ilang sandali bago siya pinatay ng UE, binigyan niya ang kanyang anak ng isang bagay na tinatawag na "AGE Device". Sa loob nito ay natuklasan niya ang mga blueprint para sa isang makapangyarihang sandata mula sa nakaraan - ang sinaunang mesias na pinangalanang "Gundam".
Mula sa mga blueprint na ito, ginugol ni Flit ang susunod na maraming taon sa pag-aaral ng engineering sa isang base ng Earth Federation sa kolonya ng puwang ng Nora at pagdidisenyo ng Gundam AGE-1. Pagkalipas ng pitong taon, sa AG 115, nakumpleto ni Flit ang Gundam AGE-1 Normal, tulad din ng pag-atake ng UE kay Nora, at gamitin ito upang tulungan ang mga tauhan ng sasakyang pandigma ng Federation na "Diva" sa paglikas sa mga mamamayan ng kolonya bago ito nawasak. Determinadong dalhin ang labanan sa UE para sa pagwasak sa kanyang bahay ng dalawang beses, sumang-ayon si Flit na maglingkod sa koponan ng mobile suit ni Diva na piloto ang Gundam. Matapos makakuha ng sapat na data at lakas ng militar upang maitaguyod ang isang kurso ng pagkilos, ang mga tauhan ng Diva at ang kanilang mga kakampi ay naglunsad ng isang matagumpay na pag-atake na sumira sa lihim na kuta ng UE sa asteroid ng Ambat. Nalaman nila na ang UE ay talagang mga inapo ng isang mistulang nabigo na misyon ng tao na ipinadala upang kolonya ang Mars, naiwan para sa patay ng Earth Federation, na bumuo ng kanilang sariling bansa sa pulang planeta na tinatawag na Veigan.
