Buod
Ang kwento ay naganap sa taong 2020, tatlong taon lamang pagkatapos ng mga kaganapan ng .hack // GU. (Ang kwento ay magaganap hindi lamang sa bagong bersyon ng "The World" na kilala bilang "The World R: X", ito ay isang tanyag na laro) ngunit sa totoong mundo din. Ang nangungunang tauhan ay isang mag-aaral sa gitnang paaralan na nagngangalang Tokio Kuryuu. Nabuhay siya ng isang normal na buhay bilang isang gamer hanggang sa isang mahiwagang batang babae na nagngangalang Ayaka Amagi ay lumipat sa kanyang paaralan at dalhin siya sa mundo ng laro.