Buod
Ang storyline ay sumusunod sa Medaka Kurokami, isang magnetiko at kaakit-akit na mag-aaral sa Hakoniwa Academy ng unang taon na nahalal na Student Council President na may 98% ng boto. Tinutugunan niya ang mga petisyon na ito sa kanyang hindi wastong paraan, at sa lahat ng tulong sa kanyang kamag-anak na si Zenkichi Hitoyoshi, nagsasagawa ng isang kahon ng mungkahi. Sa haba ng salaysay, ang mga lugar ng pamunuan ng konseho ng mag-aaral ay ipinamamahagi niya sa iba pang mga mag-aaral tulad nina Mogana Kikaijima at Kouki Akune.
Nalaman ng Konseho ng Mag-aaral na ang chairman ng akademya ay nangangahulugang magpasimula ng isang trabaho upang makapangyarihang mag-eksperimento sa mga regular na mag-aaral, ang Flask Plan, na tinatawag na Normals, upang mapalitan mo sila sa mga Abnormal, iyon ang mga taong may higit na makapangyarihang kapangyarihan. Ang Konseho ng Mag-aaral ay nakikipaglaban sa iba pang mga mag-aaral na kasangkot sa paggamit ng trabaho at lumusot sa lihim na laboratoryo ng paaralan.
Makalipas ang ilang sandali, si Misogi Kumagawa na nagnanais na palitan ang Student Council ng isa sa kanyang sariling mga hamon sa Medaka sa isang kampeonato ng Student Council. Mula sa kanyang kapangyarihan, ang dalawang mag-aaral ay hindi natatago matapos ang pagkatalo ng Kumagawa at makumpleto ang kanilang pagdadala sa Hakoniwa Academy. Ang 2 ay may posibilidad na maging mas malakas kaysa sa Abnormals at tinaguriang "Hindi Katumbas". Ang kanilang pinuno, si Anshin'in, ay nagbanta na muling simulan ang Flask Plan sa sandaling mag-grado ang Medaka, na hinihimok ang kanilang mga kahalili na sanayin ng Student Council. Gayunpaman, ang tumpak na diskarte ng Anshin'in ay magkakaroon ng katayuan bilang Pangulo ng Konseho ng Mag-aaral ng Zenkichi usurp Medaka. Nagtagumpay si Zenkichi at ginagawa ito sa pagpapanggap ng pagpapahusay ng buhay ng mag-aaral. Kumbinsido niya si Medaka na payagan ang Flask Plan para sa mga taong hindi nais.
Kinuha mula sa kanyang mga responsibilidad bilang pangulo ng Student Council, Medaka sandali ay nasali sa isang kampeonato upang matukoy ang kanyang asawa. Naging nagwagi si Medaka, na piniling pakasalan si Zenkichi pagkatapos nilang parehas na nagtapos at pumasok sa sarili. Makalipas ang ilang sandali, ang malapit na kalalakihan na si Hansode Shiranui ng Zenkichi ay umalis sa paaralan. Natagpuan ni Zenkichi at medaka na magtatapos siya bilang isa pang host para sa Iihiko Shishime, isang taong 5000 taong gulang. Natalo siya ng medaka at nawala matapos umalis sa buwan mula sa pag-crash patungo sa Earth, upang muling lumitaw sa oras para sa end service. Matapos ang kanyang pagbabalik, isipin ang posisyon ng kanyang ama nangunguna sa kumpare ng kumpanya ng kanyang pamilya, ang Kurokami Group, na bumalik lamang sa paglaon habang tinutukoy ng bagong tagapangasiwa at Medaka na umalis sa akademya. Sampung taon pagkatapos, si Zenkichi, ay nagtrabaho hanggang sa Kurokami Group, naging isang mataas na antas na manggagawa bago muling pagsama-sama sa kanya, na may parehong panunumpa na hindi na muling magkahiwalay.