Batay sa isang tanyag na laro ng otome, sinusunod ni Hakuouki sina Chizuru at ang Shinsengumi sa isang kahaliling katotohanan. Si Chizuru ay naglalakbay patungong Kyoto upang hanapin ang kanyang nawawalang ama ngunit matapos na makasama sa isang insidente, natapos na kinuha ng Shinsengumi kung saan nakatagpo niya ang mga miyembro kabilang ang sikat na Hijikata Toshizo at Okita Soshi. Ang ama ni Chizuru ay nagsasagawa ng pananaliksik sa pamahalaan para sa pagpapalakas sa Shinsengumi at binuo ang ochimizu. Ang ochimizu ay isang pormula na nagbibigay ng demonyo tulad ng lakas at pagbabagong-buhay na epekto ngunit sa sandaling nakuha, nakakaranas ang gumagamit ng matinding sakit at kalaunan ay naging isang halimaw na gutom sa dugo.
Sa pagtatangka upang ipagtanggol si Chizuru, kinukuha ng Hijikata ang ochimizu at bagaman nai-save ang sitwasyon, siya ay apektado ngayon sa sakit. Pinilit din si Okita na kumuha ng pormula kapag pinipigilan siya ng kanyang tuberkulosis na ipagtanggol si Chizuru at ang kanyang sarili. Sa pakiramdam na responsable sa kanilang mga aksyon, dapat labanan ni Chizuru ang kanyang pakiramdam na walang magawa at makahanap ng lakas ng loob na suportahan ang Shinsengumi.
