Buod
Ang Gakuen Heaven ay ang kwento ni Oshino Makoto sa kanyang pagtatangka upang maging isang guro, upang matupad ang isang pangako na ginawa sa kanyang kaibigang pagkabata at unang mahalin si Koiwai Ayano, na nangako din na kapag magkikita silang muli sa isa't isa ay magpapakasal na sila. Sa kasamaang palad, nabigo siya nang walang kahirap-hirap at nagtatapos bilang isang kapalit na guro sa isang all-girls private school na pinamamahalaan ng kanyang lola. Nakatagpo siya ng maraming babaeng mag-aaral doon, lalo na sa Narusawa Tsugum; pati na rin ang isang guro na kahawig ng kanyang matagal na nawala na unang pag-ibig, si Asagiri Ayano. Naging love interest din siya ng kapalit na punong-guro na si Kyoko.