Buod
Ang Macross Delta ay itinakda sa taong 2067, walong taon pagkatapos ng mga kaganapan ng Macross Frontier sa isang liblib na bahagi ng Milky Way Galaxy na tinawag na Brísingr Globular Cluster, na sinalanta ng Var Syndrome, isang misteryosong kababalaghan na nagpapalitaw sa mga tao nang walang anumang maliwanag sanhi Ang isang pangkat ng mga may talento na idolo, ang Walkure, ay gumagamit ng lakas ng kanilang mga kanta upang mapakalma ang mga nahawahan ng Var Syndrome, tinulungan ng Delta Flight, isang pangkat ng mga may karanasan na piloto ng Valkyrie. Sa parehong oras ay nahaharap sila sa pagkagambala mula sa Aerial Knights ng Windermere Kingdom, na nakakita ng isang paraan upang samantalahin ang impeksyon sa kanilang pabor bilang bahagi ng kanilang plano na ipagpatuloy ang giyera laban sa Pamahalaang New United para sa pagkontrol sa Cluster.