Buong Metal Panic! Sigma

Kasunod sa insidente sa pag-seajacking ng Tuatha de Danaan, ang mga bagay ay bumalik sa normal sa Jindai High School sa Tokyo, o bilang normal na nakukuha nila sa Sousuke na nagbabantay kay Kaname. Matapos alamin kung sino ang nagtaksil kay Mithril at sanhi ng pangyayaring nakakalas, sina Kurz at Mao ay ipinadala sa isang nangungunang lihim na misyon upang makuha at ibalik ang taksil.
Gayunpaman, ang buhay nina Sousuke at Kaname ay magbabago nang makilala nila si Leonard Testarossa, isang mataas na miyembro ng ranggo ng isang misteryosong pangkat na nagngangalang Amalgam. Matapos ang kanilang pagpupulong, binalaan siya ni Leonard na gagawa siya ng anumang bagay upang ma-recruit siya kahit na nangangahulugan ito ng giyera sa mga lansangan ng Tokyo.