Nagtatampok ang manga na ito kay Ryouga, isang batang lalaki na may higit sa tao na lakas na nais na makahanap ng kanyang nawawalang ama. Ang tanging pahiwatig ni Ryouga ay isang misteryosong pigura sa mga ulap na nagngangalang "Arcades" na nangako na dadalhin siya sa kanyang ama sa sandaling siya ay naging sapat na malakas. Ang pagsali sa Ryouga ay si Miruto, isang batang babae na nagtatrabaho para sa isang samahan na sumusubaybay sa mga kontrabida na gumagamit ng Pokemon para sa kanilang masasamang hangarin at si Yappy, isang mamamahayag na naglalayong ilantad ang lahat ng kasamaan sa mundo. Ang balangkas ay nakasentro sa paligid ng "Burst", ang kakayahang gumamit ng mga kristal na may Pokémon na nakaimbak sa kanila upang mabago sa mga hybrids ng tao-Pokémon. Ang Burst ni Ryouga ay si Zekrom, ang parehong ginamit ng kanyang ama sa nakaraan.
