Nagsisimula ang Huling Order nang muling buhayin ng nanotechnology ni Desty Nova si Alita sa lumulutang na lungsod ng Tiphares. Ang mga itim na sikreto ng bayan ay may biswal na nakalantad, ngunit tila ito ay isang maliit na bahagi ng isang mundo na kumplikado. Pagpunta sa kalawakan kasama ang mga luma at bagong kumpanya upang malaman ang nalalaman tungkol sa kanyang nakalimutan na nakaraan at pantay, upang hanapin ang kanyang nawala na si Lou Collins, si Alita ay nahuli sa isang interplanetary battle sa pagitan ng mga pangunahing kapangyarihan ng solar-system na kolonisado. Habang papunta, bumubuo siya ng isang alyansa kasama ang tatlo sa mga Alita Replicas na ngayon ay nagsimulang maniwala para sa kanilang sarili, isang hindi kasiya-siyang superhacker, at si Nova mismo nang pumasok siya sa Zenith of Things Tournament (ZOTT), isang paligsahan sa pakikipaglaban na gaganapin bawat 10 taon. Kasama ang paraan kung saan lumitaw ang Daigdig mula sa isang mapang-akit na epekto sa taglamig na pinuksa ang karamihan ng publiko sa buong haba ng salaysay, mas maraming kasaysayan tungkol sa setting ng Battle Angel Alita na hindi isiniwalat sa naunang string ay ipinakita.
