Buod
12.000 taon pagkatapos ng mga kaganapan ng Sousei no Aquarion, ang sangkatauhan ay nanganganib ng isang bagong kaaway mula sa iba pang sukat na may label na "Abductors", na tulad ng mga Shadow Angels, sinalakay ang mga lungsod ng tao upang agawin ang mga naninirahan dito. Upang maipagtanggol ang sangkatauhan mula sa pagsalakay na ito, ang samahang Neo-DEAVA ay nagtatag ng dalawang koponan, ang isa ay binubuo lamang ng mga lalaki at iba pa ng mga babae lamang, bawat isa ay pinagsasabay ang kanilang sariling mga higanteng makina na tinatawag na "Aquaria". Upang maprotektahan ang kanyang bagong kaibigan na si Mikono, nagpasya ang bagets na si Amata Sora na gamitin ang mga kapangyarihang itinago niya sa buong buhay niya at sa pagsasama ng mga Vector sa mga lalaki at babaeng piloto sa iisang robot, ang maalamat na higanteng si Aquarion ay muling isinilang.