Buod
Itinakda sa isang "futuristic, ngunit pyudal na Japan," at pinagbibidahan ang isang samurai na nagngangalang Afro para sa kanyang buhok. Ang kwento ay sumusunod kay Afro habang sinusubukan niyang ipaghiganti ang pagpatay sa kanyang ama. Sa mundo ng Afro Samurai, sinasabing ang magiging "Numero ng Isa", ay mamamahala sa mundo, na gumagamit ng mga kapangyarihan na katulad ng isang diyos.
Ang isang tao ay naging Numero Uno sa pamamagitan ng pagpatay sa nakaraang Numero Uno at pagkuha ng kanyang seremonyal na headband. Gayunpaman, ang tanging panuntunan sa mundong ito ay ang "Bilang Dalawang" (na itinalaga din ng isang sagradong headband) na pinapayagan na labanan ang "Numero Uno." Ang kabiguan nito ay ang sinuman (at karaniwang lahat) ay maaaring hamunin at subukang pumatay sa Dalawang Dalawa, upang makakuha ng karapatang sumulong at hamunin ang Numero Uno. Ang ama ni Afro Samurai ay ang dating Numero Uno, hanggang sa hinamon siya ng isang gunman, "Hustisya" (na noon ay Numero Dalawa), na lumaban sa kanya sa isang tunggalian upang maging bagong Numero Uno. Sa oras na hinamon ng gunman ang kanyang ama, si Afro ay bata pa lamang. Pinutol ng gunman ang ulo ng kanyang ama sa harap mismo ng batang Afro.
Ngayon ay isang may sapat na gulang, si Afro Samurai ay ang kasalukuyang Bilang Dalawang at isang master swordsman; naglalakbay siya sa kalsada na naghahanap ng paghihiganti sa Hustisya, ang kasalukuyang Bilang Isa. Mahabang flashbacks interspersed sa buong detalye ng kuwento kung paano si Afro ay bumangon mula sa takot na batang lalaki na tumatakas sa pagkamatay ng kanyang ama, upang maging master ng espada, at sa paglaon ay maging kasalukuyang "Numero Dalawang", habang ang kwento sa kasalukuyan ay nakikipag-usap sa matandang Afro na patungo sa ang pinakamataas na bundok na pinapanatili ng "Number One" upang makipaglaban sa Justice, habang kasabay ng misteryosong kulto na kilala bilang "Empty Seven Clan" ay nagpapadala ng iba't ibang mga ahente upang patayin si Afro at kunin ang kanyang Number Two headband.