Sa Tokyo na kinikilalang si Shinto Teito sa taong 2020, ang 19-taong gulang na si Minato Sahashi ay napaka marunong, ngunit dahil sa kanyang kawalan ng kakayahan na makaya sa ilalim ng presyon ay nabigo ang pagsubok sa pagpasok sa kolehiyo ng dalawang beses.
Nakilala ni Minato ang isang batang babae na nagngangalang Musubi, na talagang nahuhulog sa langit isang araw. Sa madaling panahon nalalaman ni Minato na siya ay isang "Sekirei" na pumili sa kanya bilang kanyang "Ashikabi", kabilang sa cryptic na grupo ng mga indibidwal na nagtataglay ng minana na katangian na makalikha ng isang pakikitungo - sa pamamagitan ng paghalik - sa Sekirei. Pinapayagan silang magamit ang kanilang kabuuang lakas sa pag-aalis ng mga salungatan sa iba pang Sekirei at nagbubuklod sa kanya ng Sekirei. Binubuo ng 108 kaibig-ibig na mga batang babae, mga babaeng buxom, at bish? Nen, ang laban ng Sekirei sa isang paligsahan na tinawag na "Sekirei Plan" na binuo ni Hiroto Minaka, ang tagapangulo at tagapagtatag ng mahiwaga at makapangyarihang MBI Corporation.
Sa madaling panahon nalalaman ni Minato na ang pagiging asawa ng isang babae ay hindi lahat masaya at laro, lalo na kapag napili siya ng maraming iba pang Sekirei bawat isa na bukod sa bumubuo ng isang pakikitungo sa kanya, bilang kanilang Ashikabi. Ngayon, dapat makatuklas si Minato ng isang pamamaraan upang makaligtas sa mga salungatan na nagbabanta sa buhay ng Sekirei Plan at matinding kompetisyon para sa kanya ng kanyang mga kasama.
Ang Sekirei ay mga super-Powered na nilalang na gumagamit ng ibang code tulad ng sa isang tao. Ang Sekirei space-ship ay bumagsak sa Earth noong 1999 sa Kamikura Island, at natuklasan ng dalawang mag-aaral, sina Hiroto Minaka (potensyal na chairman ng MBI) at Takami Sahashi (potensyal na MBI head researcher at ina ni Minato). Sa board, natuklasan ng pares ang 108 mga form ng buhay, ipinaliwanag bilang "Isang haligi at 107 mga ibon na ibon".
